Pierwszy pomost o długości 31,5 m został wybudowany przez dra Jerzego Haffnera w 1827 roku.

Do końca XIX wieku Molo zostaje wydłużone do 150 m, by w roku 1910 osiągnąć 315 m. Początkowo obiekt spełniał funkcję lokalnej przystani, stopniowo przekształcając się (w miarę rozwoju uzdrowiska) w obiekt rekreacyjny, a potem – po rozbudowaniu infrastruktury lądowej (fontanna, muszla koncertowa) – także w obiekt imprezowy. Warto w tym momencie dodać, że wstęp na obiekt był płatny już w drugiej połowie XIX wieku.

Obecny kształt obiektu został nadany w 1928 roku po największej w historii Mola przebudowie zainicjowanej rok wcześniej z okazji 25-lecia miasta i 100-lecia Mola (m.in. znaczne wydłużenie pomostu spacerowego i zagospodarowanie Skweru Kuracyjnego). Od tego czasu w wyglądzie Mola nastąpiły niewielkie zmiany, pomimo kilkakrotnie przeprowadzanych remontów generalnych. Ostatnie znaczące prace miały miejsce w latach 1989-91 (wybudowano wówczas żelbetową głowicę ochraniającą pomost główny) oraz w 1999-2000,2002-03 oraz 2004-05.

Molo od samego początku było przedsięwzięciem o międzynarodowym wymiarze: jego budowę rozpoczął Francuz, weteran wojen napoleońskich, na polskich ziemiach należących do Królestwa Prus (od 1871 r. do Cesarstwa Niemieckiego), a w jego historię od samego początku zaangażowani byli zarówno Niemcy, jak i Polacy (w tym Kaszubi i Żydzi). Na przełomie XIX i XX wieku, dzięki połączeniom kolejowym i morskim, zjeżdżali tutaj kuracjusze z całej Europy. Na mocy Traktatu Wersalskiego w 1919 roku obiekt (podobnie jak cały Sopot) wchodzi w skład Wolnego Miasta Gdańska. Dopiero III Rzesza od 1936 roku próbowała zapewnić dostęp do obiektu tylko jednej nacji, co w końcu dało efekt odwrotny do zamierzonego – po II Wojnie Światowej doszło do masowych wysiedleń Niemców z terenu Trójmiasta. Symboliczne pojednanie nastąpiło w latach 1999-2000, kiedy Fundacja Współpracy Polsko-Niemieckiej przekazała 2 miliony złotych na remont generalny głównego pomostu. Ostatnie remonty generalne były prowadzone w latach 2011-14 na części lądowej i dotyczyły fontanny, arkad oraz trawników.

W 2005 roku decyzją Rady Miasta nadano Molo imię Jana Pawła II. Upamiętniono w ten sposób wizytę Papieża na obiekcie w 1987 roku, a takze wizytę na sopockim hipodromie w 1999 roku.